Die Pflanzenvielfalt auf Malta ist nicht allzu groß. Obwohl der Archipel vor einigen Jahrhunderten noch dicht bewaldet war, gibt es heute wegen der größtenteils unfruchtbaren Böden nur noch wenige Pflanzenarten zu bewundern. Die Pflanzen Maltas sind an das Klima und die schlechte Ausgangslage optimal angepasst, da sie nur wenige Dinge zum Überleben benötigen. Viele verschiedene Gebüsche (Macchie), die immergrün sind, kommen sehr häufig auf den Inseln vor. Zu diesen zählen der Mastixstrauch, Rosmarin oder Heidekräuter. Weitere Pflanzen, welche jedoch zu den Gräsern oder Blumen zählen, sind die Federgräßer, Lavendel, Thymian oder Lauchgewächse. Im Frühling blühen verschiedene Orchideenarten und Mohn. Man kann sogar Kakteen in Malta vorfinden, woraus sich schließen lässt, dass die Niederschläge in der Tat im Sommer sehr gering sein müssen. Ein kleines Waldgebiet, das etwa 200 Meter breit und 900 Meter lang ist, existiert auf den kleinen Inseln jedoch bis heute (Buskett Gardens). Um Straßen und Promenaden zu verschönern pflanzt die Regierung mittlerweile häufig Akazien, Palmen und Eukalyptus. Es wird auch versucht wieder kleinere Waldgebiete, bestehend aus Olivenbäumen, Eichen und Kiefern, anzulegen. Da die Inselgruppe Malta weitab der nächstgelegenen Ländern liegt gibt es endemische Pflanzen, welche lediglich auf den Inseln wiedergefunden werden kann.
Ebenso wie in der Flora gibt es in der Fauna nur relativ wenig verschiedene Tierarten. Seit einigen Jahren setzt jedoch, ebenso wie bei den Pflanzen, die Regierung aktiv für den Artenschutz und Naturschutz ein. 2008 richtete man 27 verschiedene Schutzgebiete für Tiere und Pflanzen ein. Ein Problem bei den geringen Vogelpopulationen stellt die traditionelle Vogeljagd dar. Dadurch kommen jährlich schätzungswiese zwischen 200.000 und einer Million Vögel ums Leben. Die Europäische Union entschied sich sogar dazu, ein Anklageverfahren gegen Malta am Europäischen Gerichtshof zu initiieren.
Die am häufigsten auftretenden, einheimischen Vogelarten sind Lerchen, Finken, Schwalben, Drosseln und der Nationalvogel Baumerle. Darüber hinaus gibt es Turteltauben und einige Raubvogelarten. Im Frühjahr und Herbst beherbergt der Archipel kurzfristig verschiedene Zugvogelarten auf dem Weg nach Europa beziehungsweise Afrika. Ansonsten leben Mäuse, Ratten, Fledermäuse, Kaninchen, Igel, Eidechsen, Geckos oder auch Chamäleons auf den Inseln. Auch mehrere ungiftige Schlangen sind auf Malta vorzufinden.